研究員＆技術支援員を募集しています
東京工業大学 情報理工学院 情報工学系 大上研究室では、以下のとおり研究員および技術支援員を募集致します。 キーワード タンパク質構造、AI創薬、ケモインフォマティクス、QSAR、QSPR、バーチャルスクリーニング、ドッキングシミュレーション、核酸医薬、RNA標的型分子、マルチモダリティ創薬、人工知能、深層学習、機械学習、強化学習、数理最適化、グラフ理論、大規模並列計算、GPU計算、スーパーコンピューティング、分子動力学法、自由エネルギ […]
大上の研究課題がJST創発的研究支援事業に採択されました
科学技術振興機構 (JST) が実施する創発的研究支援事業の2021年度研究提案募集に、大上が研究代表者として提案した研究課題が採択されました。 創発的研究支援事業は、特定の課題や短期目標を設定せず、多様性と融合によって破壊的イノベーションにつながるシーズの創出を目指す「創発的研究」を推進するため、既存の枠組みにとらわれない自由で挑戦的・融合的な多様な研究を、研究者が研究に専念できる環境を確保しつつ長期的に支援するものです。また、創発を […]
Acaric Journal vol.3に大上のインタビュー記事が掲載されました
株式会社アカリクが発行するAcaric Journal（アカリクジャーナル）に大上のインタビュー記事が掲載されました。 高専時代から続くバイオインフォマティクスの魅力｜ACARIC Journal アカリクジャーナル vol.3, pp.33-36｜[PDF] * 株式会社アカリクより許可を得て掲載しています
IIBMP2021にて大上研D1小杉さんが優秀ポスター賞を受賞しました
第10回生命医薬情報学連合大会（IIBMP2021）にて、大上研D1の小杉さんが優秀ポスター賞を受賞しました。 Takatsugu Kosugi, Masahito Ohue. “Development of a Quantitative Estimate Index for Early-Stage Screening of Compounds Targeting Protein-Protein Interactions&# […]
IIBMP2021で発表を行いました
第10回生命医薬情報学連合大会（IIBMP2021）にて、大上研から３件のポスター発表と１件のセッション企画が行われました。 ポスター発表 Takatsugu Kosugi, Masahito Ohue. “Development of a Quantitative Estimate Index for Early-Stage Screening of Compounds Targeting Protein-Protein […]
AMED BINDSユニット連携講習会で大上がハンズオンセミナーを行いました（資料あり）
AMED BINDS 長浜バイオ大学における『BINDSユニット連携講習会』「創薬のためのタンパク質構造インフォマティクス2」にて大上がハンズオンセミナーを行いました。大上は「計算によるタンパク質間相互作用予測と複合体構造予測」という題で、MDockPP、LZerD、ClusPro、ColabFold (AlphaFold2)、MEGADOCK、PSOPIAなどのツールを使った講習を担当しました。 大上担当分の資料・データは以下に公開し […]
研究成果のプレスリリースを行いました（J Chem Inf Model掲載）
環状ペプチドの細胞膜透過性予測手法を開発した研究についてのプレスリリースを、2021年7月9日14:00に行いました。 本研究は、ペプチド創薬のための分子設計手法として、細胞膜透過性を予測する計算手法を開発しました。拡張サンプリング法を用いた分子動力学シミュレーションによる予測手法を考案し、約150個の環状ペプチドによる大規模な検証によってその精度が実証されました。環状ペプチドの膜透過性は医薬品設計におけるボ […]
大上が情報処理学会バイオ情報学研究会優秀プレゼンテーション賞を受賞しました
大上が情報処理学会バイオ情報学研究会(SIGBIO)優秀プレゼンテーション賞を受賞しました。 この賞は第65回バイオ情報学研究会での以下の口頭発表に対して授与されたものとなります。 大上雅史, 古井海里: “GBDTによる化合物の血液胎盤関門透過性予測”, 情報処理学会研究報告, 2021-BIO-65(8):1-3, 3/11 2021. SIGBIO優秀プレゼンテーション賞（BIO研究会）-情報処理学会 ht […]
新メンバーが加わりました（2021年4月）
大上研に 事務支援員 １名 博士課程学生 １名 学部学生 ２名 が新たに加わりました。修士進学者と合わせて、学生４名、スタッフ３名の体制になります。
大上研B4の杉田駿也さんが情報処理学会第83回全国大会 学生奨励賞を受賞しました
大上研B4の杉田駿也さんが、情報処理学会第83回全国大会 学生奨励賞を受賞しました。 演題：4ZC-05 適用領域を考慮した薬剤標的親和性予測 4ZC（学生セッション：バイオ情報学） 情報処理学会第83回全国大会 https://www.ipsj.or.jp/event/taikai/83/ 大会学生奨励賞（大会ローカルアワード）-情報処理学会 http://www.ipsj.or.jp/award/taikaigakusei.html